Dans des ouvrages géographiques arabes du Moyen-Age, on peut trouver le mot « Turkestan » signifiant « pays des Turcs » (Tujue en chinois) et désignant la région au nord du Sir en Asie centrale ainsi que la région orientale avoisinante. Avec l'évolution historique, les différents peuples de l'Asie centrale se sont formés successivement. Au XVIII^e siècle, le concept géographique du « Turkestan » est devenu tellement vague qu'on ne le trouve plus dans les ouvrages d'alors. Au début du XIX^e siècle, il a été évoqué de nouveau avec l'approfondissement de l'expansion colonialiste des puissances impérialistes en Asie centrale. En 1805, un Russe nommé Timkovsky a employé de nouveau l'appellation du « Turkestan » dans son rapport de mission afin de désigner géographiquement l'Asie centrale ainsi que la Dépression du Tarim dans le sud du Xinjiang, Chine. En raison de la différence historique, linguistique, folklorique et de l'appartenance politique des deux régions, il a nommé le dernier « Turkestan oriental » ou « Turkestan chinois ». Au milieu du XIX^e siècle, la Russie a annexé successivement les trois khanats de l'Asie centrale : Khiva, Boukhara et Kokand et établi dans la région de Hezhong (Samarkand) de l'Asie centrale le « gouvernement général du Turkestan ». Certains Occidentaux appellent donc la région de Hezhong « Turkestan occidental » ou « Turkestan russe » et la région chinoise du Xinjiang « Turkestan oriental ».

Depuis le début du XX^e siècle, une petite poignée de séparatistes et d'extrémistes religieux du Xinjiang, influencés par le courant international d'extrémisme religieux et de chauvinisme ethnique, ont politisé le terme géographique non standardisé du « Turkestan oriental » selon l'expression inventée par des colonialistes et fabriqué un système idéologique et théorique préconisant l'indépendance du « Turkestan oriental ». D'après celui-ci, le « Turkestan oriental » est, depuis l'antiquité, un pays indépendant dont la population a une histoire de 10 000 ans environ et constitue le « meilleur peuple de l'histoire humaine ». Ce système théorique préconise l'union de tous les peuples parlant tujue et croyants à l'islam pour former un Etat caractérisé par « l'unité du temporel et du spirituel », dénie l'histoire de la fondation de la grande patrie par toutes les communautés ethniques de la Chine, appelle à « lutter contre tous les peuples autres que les Tujue » et à éliminer les « païens » et affirme que la Chine est « l'ennemi du peuple du Turkestan oriental depuis trois mille ans ». Depuis la formation de cette prétendue théorie du « Turkestan oriental », les séparatistes de toutes sortes font des activités en brandissant la bannière du « Turkestan oriental » et tentent vainement de fonder un « Etat de Turkestan oriental ».

Durant les cinq premières décennies du XX^e siècle, les forces en faveur du « Turkestan oriental », suscitées et soutenues par les forces antagonistes étrangères, ont provoqué plusieurs troubles. En novembre 1933, Sabit Damolla a fondé à Kashi (Kachgar) une soi-disant « République islamique du Turkestan oriental » qui s'est écroulée en moins de trois mois face à l'opposition de toutes les communautés ethniques du Xinjiang. En 1944, a éclaté la révolution contre la domination du Guomindang dans les trois régions d'Ili, de Tacheng et d'Altay au Xinjiang, faisant partie du mouvement de la révolution démocratique du peuple chinois. Le séparatiste Elihan Torae (d'origine ouzbek de l'ex-URSS) a usurpé le pouvoir au début de cette révolution et fondé à Yining une soi-disant « République du Turkestan oriental » dont il a été président. En juin 1946, Kasimi Ahmatjan et Abdukerim Abbasov, dirigeants de la révolution des trois régions, ont destitué Elihan Torae de ses fonctions ; la « République du Turkestan oriental » fut transformée en Comité consultatif de la préfecture d'Ili. Les forces séparatistes ont subi un coup fatal.

Après la libération pacifique du Xinjiang, les forces en faveur du « Turkestan oriental » n'ont pas accepté leur défaite. Une minorité de séparatistes du Xinjiang réfugiés à l'étranger agissaient de connivence avec les séparatistes en territoire chinois, tentant de mener des activités de séparation et de sabotage grâce au soutien des forces internationales antichinoises. Depuis les années 1990 en particulier, certaines forces en faveur du « Turkestan oriental » en Chine et à l'étranger, influencées par l'extrémisme religieux, le séparatisme et le terrorisme international, ont commencé à mener des activités de séparation et de sabotage par le terrorisme et la violence. Certaines organisations en faveur du « Turkestan oriental » ont déclaré ouvertement vouloir obtenir la séparation par les moyens terroristes et violents. Au Xinjiang en Chine et dans certains pays concernés, les forces en faveur du « Turkestan oriental » ont comploté et organisé une série d'incidents sanglants terroristes et violents par l'explosion, l'assassinat, l'incendie, l'empoisonnement et l'attaque, portant gravement atteinte à la vie et à la fortune des grandes masses de toutes les ethnies chinoises, à la stabilité sociale de la Chine et à la sécurité et à la stabilité des pays et régions concernés.

Après l'attentat du 11 Septembre, la voix internationale de la lutte et de la coopération antiterroristes devient de plus en plus forte. Afin de sortir d'une situation embarrassante, les forces en faveur du « Turkestan oriental » ont commencé à brandir la bannière de sauvegarder « les droits de l'Homme », « la liberté religieuse » et « les droits des ethnies minoritaires ». Elles ont forgé un mensonge selon lequel « le gouvernement chinois a profité de l'occasion pour réprimer les ethnies minoritaires » afin d'induire l'opinion publique en erreur, de tromper l'opinion publique mondiale et d'éviter les coups antiterroristes internationaux.